易基因靶基因DNA羥甲基化測序（Target-ACE）——單堿基分辨率靶向DNA羥甲基化檢測，精準解碼表觀調(diào)控

新興的APOBEC-coupled epigenetic sequencing（ACE-seq）無需亞硫酸鹽處理，處理起始量低，可在單堿基分辨率條件下進行DNA羥甲基化（5hmC）檢測。易基因基于ACE-seq方法建立的靶基因羥甲基化高通量測序（Target-ACE）針對已有目標(biāo)基因panel組合，運用自主研發(fā)的甲基化特異性多重PCR引物設(shè)計軟件，結(jié)合APOBEC酶處理與多重PCR擴增，實現(xiàn)靶基因區(qū)域5hmC的超高深度單堿基精準檢測。

Target-ACE技術(shù)優(yōu)勢

APOBEC酶特異性處理：保留5hmC修飾位點，通過后續(xù)PCR擴增與測序，直接定位5hmC位點，無需亞硫酸鹽處理，避免DNA損傷。

多重PCR靶向富集：針對目標(biāo)CpG區(qū)域設(shè)計特異性引物，通過多重PCR擴增，顯著提升數(shù)據(jù)深度與檢測靈敏度，尤其適用于低豐度樣本（如微量組織、單細胞）。

高精度數(shù)據(jù)分析：結(jié)合spike-in Control定量校準轉(zhuǎn)化效率，確保每個CpG位點的羥甲基化水平計算準確。 

高通量與高性價比：單次實驗可檢測數(shù)十個靶區(qū)域，檢測費用顯著低于現(xiàn)有技術(shù)、快周期。

經(jīng)典案例

產(chǎn)前不良環(huán)境暴露通過改變發(fā)育中大腦中的 DNA 羥甲基化導(dǎo)致自閉癥樣行為

期刊：Advanced Science     影響因子： IF 14.1

研究通過特定基因APOBEC-coupled epigenetic sequencing（Target-ACE）和RNA-seq多組學(xué)分析揭示了母體孕期1-NP暴露會通過改變發(fā)育大腦中與中間神經(jīng)元遷移相關(guān)的DNA羥甲基化調(diào)控下游基因表達，進而介導(dǎo)子代出現(xiàn)自閉癥樣行為表型。此外，研究還表明補充α-酮戊二酸（α-KG，TET酶的輔因子），可以逆轉(zhuǎn)1-NP誘導(dǎo)的中間神經(jīng)元遷移相關(guān)基因特定位點的低羥甲基化，緩解中間神經(jīng)元遷移延遲并改善由1-NP引起的自閉癥樣行為。

圖1：妊娠1-NP暴露對胎兒前腦中間神經(jīng)元遷移相關(guān)基因羥甲基化的影響

圖2：胎兒前腦中間神經(jīng)元遷移相關(guān)基因富含5hmC的CpG位點的5hmC含量

參考文獻：

Zhao T, Huang CQ, Zhang YH, Zhu YY, Chen XX, Wang T, Shao J, Meng XH, Huang Y, Wang H, Wang HL, Wang B, Xu DX. Prenatal 1-Nitropyrene Exposure Causes Autism-Like Behavior Partially by Altering DNA Hydroxymethylation in Developing Brain. Adv Sci (Weinh). 2024 May 16:e2306294. doi: 10.1002/advs.202306294.