DIA與DDA在無標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)中的應(yīng)用對(duì)比檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

無標(biāo)記定量dànbáizhì組學(xué)（Label-Free Quantitative Proteomics）作為研究生物系統(tǒng)中蛋白表達(dá)動(dòng)態(tài)變化的重要工具，已廣泛應(yīng)用于疾病機(jī)制研究、藥物靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)及生物標(biāo)志物篩選。在無標(biāo)記定量策略中，數(shù)據(jù)依賴采集（Data-Dependent Acquisition, DDA）與數(shù)據(jù)獨(dú)立采集（Data-Independent Acquisition, DIA）是zuì常見的兩種質(zhì)譜數(shù)據(jù)獲取方式，各自擁有不同的技術(shù)特點(diǎn)和應(yīng)用場景。本文將圍繞這兩種策略進(jìn)行系統(tǒng)對(duì)比，幫助科研人員在實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)中做出zuì優(yōu)選擇。

一、什么是DDA（數(shù)據(jù)依賴采集）？

??原理簡述

DDA是一種“采強(qiáng)不采弱”的數(shù)據(jù)采集方式。在一次MS掃描中，質(zhì)譜儀首優(yōu)良行MS1全掃描，再根據(jù)信號(hào)強(qiáng)度選擇前若干個(gè)zuì強(qiáng)的母離子進(jìn)行MS2碎裂分析。這種方式可確保獲得高質(zhì)量的MS/MS譜圖，適用于蛋白鑒定。

??優(yōu)勢

• 譜圖質(zhì)量高：每次碎裂的都是zuì強(qiáng)信號(hào)，信噪比好，便于高置信度鑒定。

• 數(shù)據(jù)庫搜索效率高：獲得的MS/MS信息適用于傳統(tǒng)的SEQUEST、Mascot等搜索算法。

??局限性

• 重復(fù)性差：不同樣本或不同批次中被選中的母離子可能不同，導(dǎo)致缺失值較多。

• 對(duì)低豐度蛋白不友好：高豐度蛋白更容易被選中，低豐度蛋白常被忽略。

• 動(dòng)態(tài)范圍受限：復(fù)雜樣本中高豐度蛋白“遮蔽”效應(yīng)顯著。

二、什么是DIA（數(shù)據(jù)獨(dú)立采集）？

??原理簡述

DIA采用“無差別掃描”策略，將預(yù)設(shè)的m/z窗口內(nèi)所有離子統(tǒng)一進(jìn)行碎裂，不依賴前體離子強(qiáng)度。其代表性技術(shù)如SWATH-MS、diaPASEF等。DIA采集到的是系統(tǒng)性的全譜信息，適合定量分析。

??優(yōu)勢

• 高重復(fù)性和數(shù)據(jù)完整性：樣本間離子選擇一致，缺失值顯著減少。

• 對(duì)低豐度蛋白更友好：全譜采集避免了對(duì)高豐度蛋白的偏倚。

• 便于構(gòu)建可重復(fù)的dànbáizhì組圖譜庫（Spectral Library）。

??局限性

• 數(shù)據(jù)復(fù)雜度高：MS2譜圖重疊嚴(yán)重，依賴優(yōu)良的軟件進(jìn)行解卷積。

• 對(duì)算法依賴度高：數(shù)據(jù)分析需配合DIA專用軟件如Spectronaut、DIA-NN、EncyclopeDIA等。

三、DIA與DDA的核心性能對(duì)比

四、應(yīng)用場景選擇建議

1、探索性研究/新物種研究

若研究目標(biāo)為發(fā)現(xiàn)未知蛋白、構(gòu)建蛋白圖譜，DDA因譜圖質(zhì)量高、數(shù)據(jù)庫匹配效率好，是優(yōu)選方案。

2、大規(guī)模樣本定量/臨床隊(duì)列分析

在大樣本隊(duì)列分析、疾病生物標(biāo)志物篩選等高通量定量研究中，DIA因數(shù)據(jù)一致性高、缺失值少，更適合用于差異蛋白篩選與統(tǒng)計(jì)分析。

3、質(zhì)譜圖譜庫構(gòu)建策略

常見的做法是先用DDA構(gòu)建高質(zhì)量譜圖庫，再進(jìn)行DIA定量，這種“DDA+DIA聯(lián)合策略”兼顧了數(shù)據(jù)質(zhì)量與通量，已成為主流方案之一。

無論是DDA還是DIA，各自都有dútè優(yōu)勢，科研人員應(yīng)根據(jù)實(shí)驗(yàn)?zāi)康?、樣本類型與預(yù)算進(jìn)行科學(xué)選擇。DIA作為下一代主流趨勢，其在定量dànbáizhì組學(xué)中的優(yōu)勢愈發(fā)顯著。而DDA在譜圖庫構(gòu)建與新蛋白發(fā)現(xiàn)方面依然bùkětìdài。百泰派克生物科技致力于提供高質(zhì)量的基于Label Free的定量蛋白組分析服務(wù)，廣泛適用于基礎(chǔ)科研、疾病機(jī)制研究、生物標(biāo)志物篩選及臨床轉(zhuǎn)化等多個(gè)方向。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù)，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù)，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.技術(shù)優(yōu)良，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭?xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測51個(gè)目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查，軟件審計(jì)追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù)；

2.獲國家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺(tái)，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

DIA與DDA在無標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)中的應(yīng)用對(duì)比檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹