acRIP-seq ac4C乙?;疪NA免疫沉淀測序
- 公司名稱 深圳市易基因科技有限公司
- 品牌 其他品牌
- 型號 acRIP-seq
- 產(chǎn)地
- 廠商性質(zhì) 生產(chǎn)廠家
- 更新時間 2025/4/17 16:53:57
- 訪問次數(shù) 46
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ac4C RNA乙?;?span>N4-acetyicytidine,ac4C),N4位乙酰胞嘧啶,是真核原核生物中保守的化學修飾,早期研究認為ac4C主要存在于tRNA和18S rRNA上。近期研究顯示,mRNA上也存在大量的ac4C,該修飾在促進蛋白翻譯、影響RNA穩(wěn)定性和可變剪接、調(diào)控基因表達發(fā)揮重要作用,是繼m6A修飾之后表觀轉(zhuǎn)錄組學的新興發(fā)展方向。
ac4C RNA修飾的檢測,易基因采用基于抗體富集的ac4C RNA乙?;庖吖渤恋?span> (acetylated RNA Immunoprecipitation,acRIP)技術(shù):基于抗體特異性結(jié)合乙?;揎棄A基原理,以RNA免疫共沉淀富集乙?;揎椘螢榛A,然后通過高通量測序(acRIP-seq),在轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)研究發(fā)生乙?;?span>RNA區(qū)域,高效獲得結(jié)果。
易基因提供適用于不同科研需求的acRIP -seq技術(shù):
? ac4C 乙?;?span>-常量mRNA acRIP -seq
? ac4C 乙?;?span>-常量mRNA +lncRNA acRIP -seq
? ac4C 乙?;?span>-微量mRNA +lncRNA acRIP -seq
實驗原理:
首先通過poly(A)捕獲RNA,將獲得的RNA打成100nt左右的小片段;之后使用ac4C特異性抗體進行免疫共沉淀,含有ac4C修飾的RNA片段被富集并回收;進而對回收的RNA進行文庫構(gòu)建、高通量測序和生物信息學分析,通過peak分析鑒定出ac4C修飾的位點。
實驗策略:
材料選取 → RNA提取→RNA片段化→抗體富集→反轉(zhuǎn)錄得cDNA文庫→接頭連接
→PCR擴增→文庫制備→上機測序
分析內(nèi)容:
acRIP-seq分析內(nèi)容 | |
標準分析 | 質(zhì)控及及評估: 1、 數(shù)據(jù)質(zhì)控 2、 比對統(tǒng)計 3、 插入片段長度統(tǒng)計 4、 全基因組覆蓋度統(tǒng)計 5、 樣本飽和度曲線 |
ac4C 富集區(qū)域(peak)的鑒定及統(tǒng)計: 1、 ac4C富集區(qū)域(peak)的鑒定與注釋 2、 ac4C富集區(qū)域的基本統(tǒng)計 3、 ac4C 富集區(qū)域在染色體上的分布 4、 ac4C 富集區(qū)域在基因元件上的分布 5、 ac4C 富集區(qū)域關聯(lián)基因的功能富集分析 6、 ac4C 富集區(qū)域在基因元件上的分布密度 7、 ac4C 修飾區(qū)域的motif鑒定 8、 特定基因峰圖展示 | |
差異ac4C 修飾的鑒定及統(tǒng)計: 1、 組內(nèi)樣本peak重疊情況分析 2、 組內(nèi)樣本peak關聯(lián)基因的重疊情況分析 3、 差異ac4C 修飾的鑒定與注釋 4、 差異ac4C 修飾的基本統(tǒng)計 5、 差異ac4C 修飾在染色體上的分布 6、 差異ac4C 修飾在基因元件上的分布 7、 差異ac4C 修飾關聯(lián)基因的富集分析 8、 差異ac4C 修飾在基因元件上的分布密度 9、 差異ac4C 修飾區(qū)域的motif鑒定 | |
表達水平分析: 1、 lncRNA鑒定 2、 circRNA鑒定 3、 基因表達水平分析 4、 基因表達水平密度分析 5、 基于表達譜的聚類分析 6、 基于表達譜的主成分分析 7、 基于表達譜的相關性分析 | |
差異表達基因鑒定及富集分析: 1、 差異表達基因鑒定 2、 差異基因功能富集分析 | |
差異ac4C 修飾及差異基因關聯(lián)分析 | |
注:個性化分析、多組學關聯(lián)分析請聯(lián)系對接銷售或技術(shù)支持 |
送樣要求:
送樣要求 | 項目周期 |
? 樣本類型:去蛋白并進行DNase處理后的完整總RNA樣本 ? 樣本總量:≥10μg ? 樣本濃度:建議≥250 ng/μL ? 樣本完整度:RIN ≥ 7,Ratio 28S/18S ≥ 0.7;某些來源樣本(如體液樣本,昆蟲樣本,水生生物樣本等)無RIN和Ratio28S/18S要求 | 20個樣本以下標準流程的運轉(zhuǎn)周期約為36個工作日。遇到樣本數(shù)目較多時,項目周期需要與技術(shù)支持人員確定。 |
典型案例
mRNA中胞嘧啶核苷乙酰化可提高翻譯效率
Acetylation of Cytidine in mRNA Promotes Translation Efficiency
期刊:Cell IF:45.5
N4-乙酰胞嘧啶(ac4C)是一種由乙酰轉(zhuǎn)移酶NAT10催化的mRNA修飾。本研究通過對WT和下調(diào)NAT10的Hela細胞進行acRIP-seq和mRNA-seq,揭示了ac4C在編碼序列中的特異性乙?;瘏^(qū)域富集。NAT10敲除導致在比對mRNA位點的ac4C檢測減少,并與靶向mRNA整體下調(diào)相關。對mRNA半衰期分析顯示,乙?;?span>mRNA穩(wěn)定性依賴于NAT10。進一步實驗表明,mRNA乙?;隗w內(nèi)外增強底物翻譯。在ac4C peaks的密碼子含量分析揭示了在動態(tài)位點中胞嘧啶的偏倚表達,從而影響mRNA解碼效率。這些發(fā)現(xiàn)擴展了mRNA修飾范圍(包括乙酰化殘基),并闡明了ac4C在mRNA翻譯調(diào)控中的作用。
acRIP-seq繪制mRNA ac4C圖譜
參考文獻:
①Arango D, et al. Immunoprecipitation and Sequencing of Acetylated RNA. Bio Protoc. 2019 Jun 20;9(12):e3278. pii: e3278. doi: 10.21769/BioProtoc.3278. PubMed PMID: 33654795.
② Arango D, et al. Acetylation of Cytidine in mRNA Promotes Translation Efficiency. Cell. 2018 Dec 13;175(7):1872-1886.e24. pii: S0092-8674(18)31383-7. doi: 10.1016/j.cell.2018.10.030. PubMed PMID: 30449621