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化工儀器網(wǎng)>產(chǎn)品展廳>技術(shù)服務>分子生物學服務>DNA測序服務>acRIP-seq ac4C乙?;疪NA免疫沉淀測序

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acRIP-seq ac4C乙?;疪NA免疫沉淀測序

具體成交價以合同協(xié)議為準
  • 公司名稱 深圳市易基因科技有限公司
  • 品牌 其他品牌
  • 型號 acRIP-seq
  • 產(chǎn)地
  • 廠商性質(zhì) 生產(chǎn)廠家
  • 更新時間 2025/4/17 16:53:57
  • 訪問次數(shù) 46

聯(lián)系我們時請說明是化工儀器網(wǎng)上看到的信息,謝謝!


深圳市易基因科技有限公司(簡稱易基因,E-GENE Co.,Ltd.)專注表觀組學十余年,以“表觀遺傳學科學研究與臨床應用”為愿景,依托高通量測序技術(shù)和云數(shù)據(jù)分析平臺。為醫(yī)療機構(gòu)、科研機構(gòu)、企事業(yè)單位等提供以表觀遺傳學技術(shù)為核心的多組學科研服務及解決方案,全面覆蓋針對生命科學基礎研究、醫(yī)學及臨床應用研究等內(nèi)容。


易基因?qū)W⒈碛^組學十余年,多組學科研服務。技術(shù)團隊在國際上LHC-BS、HMST-seq、ChIP-BS、cfDNA-TBS等甲基化、羥甲基化技術(shù)流程,研發(fā)建立簡化基因組甲基化dRRBS、cfDNA-RBS,單細胞/微量DNA全基因組甲基化及簡化高通量甲基化測序技術(shù),RNA甲基化測序等技術(shù)和方法,并建立易基因科技全自動化彈性資源生信分析系統(tǒng)。在Nature、Lancet、Science、Nat Commun、 Cell Res、Genome Biol、Blood、PloS Genet、Epigenetics、Epigenomics 、Clin Epigenetic等期刊發(fā)表論文100余篇,申請發(fā)明12項、軟件著作權(quán)27項。



T:0755 - 28317900 

V:181 2416 7839

生命科學及生物技術(shù)研發(fā)和推廣,生物技術(shù)服務

ac4C RNA乙?;?span>N4-acetyicytidine,ac4C),N4位乙酰胞嘧啶,是真核原核生物中保守的化學修飾,早期研究認為ac4C主要存在于tRNA18S rRNA上。近期研究顯示,mRNA上也存在大量的ac4C,該修飾在促進蛋白翻譯、影響RNA穩(wěn)定性和可變剪接、調(diào)控基因表達發(fā)揮重要作用,是繼m6A修飾之后表觀轉(zhuǎn)錄組學的新興發(fā)展方向。

 

ac4C RNA修飾的檢測,易基因采用基于抗體富集的ac4C RNA乙?;庖吖渤恋?span> (acetylated RNA Immunoprecipitation,acRIP)技術(shù):基于抗體特異性結(jié)合乙?;揎棄A基原理,以RNA免疫共沉淀富集乙?;揎椘螢榛A,然后通過高通量測序(acRIP-seq),在轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)研究發(fā)生乙?;?span>RNA區(qū)域,高效獲得結(jié)果。

 

易基因提供適用于不同科研需求的acRIP -seq技術(shù):

?  ac4C 乙?;?span>-常量mRNA acRIP -seq

?  ac4C 乙?;?span>-常量mRNA +lncRNA acRIP -seq

?  ac4C 乙?;?span>-微量mRNA +lncRNA acRIP -seq

 

實驗原理:

首先通過poly(A)捕獲RNA,將獲得的RNA打成100nt左右的小片段;之后使用ac4C特異性抗體進行免疫共沉淀,含有ac4C修飾的RNA片段被富集并回收;進而對回收的RNA進行文庫構(gòu)建、高通量測序和生物信息學分析,通過peak分析鑒定出ac4C修飾的位點。

ac4C乙?;疪NA免疫沉淀測序


實驗策略:

材料選取 → RNA提取→RNA片段化抗體富集反轉(zhuǎn)錄得cDNA文庫接頭連接

→PCR擴增文庫制備上機測序

 

分析內(nèi)容:

acRIP-seq分析內(nèi)容

標準分析

質(zhì)控及及評估:

1、 數(shù)據(jù)質(zhì)控

2、 比對統(tǒng)計

3、 插入片段長度統(tǒng)計

4、 全基因組覆蓋度統(tǒng)計

5、 樣本飽和度曲線

ac4C 富集區(qū)域(peak)的鑒定及統(tǒng)計:

1、 ac4C富集區(qū)域(peak)的鑒定與注釋

2、 ac4C富集區(qū)域的基本統(tǒng)計

3、 ac4C 富集區(qū)域在染色體上的分布

4、 ac4C 富集區(qū)域在基因元件上的分布

5、 ac4C 富集區(qū)域關聯(lián)基因的功能富集分析

6、 ac4C 富集區(qū)域在基因元件上的分布密度

7、 ac4C 修飾區(qū)域的motif鑒定

8、 特定基因峰圖展示

差異ac4C 修飾的鑒定及統(tǒng)計:

1、 組內(nèi)樣本peak重疊情況分析

2、 組內(nèi)樣本peak關聯(lián)基因的重疊情況分析

3、 差異ac4C 修飾的鑒定與注釋

4、 差異ac4C 修飾的基本統(tǒng)計

5、 差異ac4C 修飾在染色體上的分布

6、 差異ac4C 修飾在基因元件上的分布

7、 差異ac4C 修飾關聯(lián)基因的富集分析

8、 差異ac4C 修飾在基因元件上的分布密度

9、 差異ac4C 修飾區(qū)域的motif鑒定

表達水平分析:

1、 lncRNA鑒定

2、 circRNA鑒定

3、 基因表達水平分析

4、 基因表達水平密度分析

5、 基于表達譜的聚類分析

6、 基于表達譜的主成分分析

7、 基于表達譜的相關性分析

差異表達基因鑒定及富集分析:

1、 差異表達基因鑒定

2、 差異基因功能富集分析

差異ac4C 修飾及差異基因關聯(lián)分析

注:個性化分析、多組學關聯(lián)分析請聯(lián)系對接銷售或技術(shù)支持































送樣要求:

送樣要求

項目周期

?  樣本類型:去蛋白并進行DNase處理后的完整總RNA樣本

?  樣本總量:10μg

?  樣本濃度:建議≥250 ng/μL

?  樣本完整度:RIN ≥ 7,Ratio 28S/18S ≥ 0.7;某些來源樣本(如體液樣本,昆蟲樣本,水生生物樣本等)無RINRatio28S/18S要求

20個樣本以下標準流程的運轉(zhuǎn)周期約為36個工作日。遇到樣本數(shù)目較多時,項目周期需要與技術(shù)支持人員確定。












典型案例

mRNA中胞嘧啶核苷乙酰化可提高翻譯效率

Acetylation of Cytidine in mRNA Promotes Translation Efficiency

期刊:Cell    IF45.5

N4-乙酰胞嘧啶(ac4C)是一種由乙酰轉(zhuǎn)移酶NAT10催化的mRNA修飾。本研究通過對WT和下調(diào)NAT10Hela細胞進行acRIP-seqmRNA-seq,揭示了ac4C在編碼序列中的特異性乙?;瘏^(qū)域富集。NAT10敲除導致在比對mRNA位點的ac4C檢測減少,并與靶向mRNA整體下調(diào)相關。對mRNA半衰期分析顯示,乙?;?span>mRNA穩(wěn)定性依賴于NAT10。進一步實驗表明,mRNA乙?;隗w內(nèi)外增強底物翻譯。在ac4C peaks的密碼子含量分析揭示了在動態(tài)位點中胞嘧啶的偏倚表達,從而影響mRNA解碼效率。這些發(fā)現(xiàn)擴展了mRNA修飾范圍(包括乙酰化殘基),并闡明了ac4CmRNA翻譯調(diào)控中的作用。

ac4C乙酰化RNA免疫沉淀測序

acRIP-seq繪制mRNA ac4C圖譜


參考文獻:

Arango D, et al. Immunoprecipitation and Sequencing of Acetylated RNA. Bio Protoc. 2019 Jun 20;9(12):e3278. pii: e3278. doi: 10.21769/BioProtoc.3278. PubMed PMID: 33654795.

 Arango D, et al. Acetylation of Cytidine in mRNA Promotes Translation Efficiency. Cell. 2018 Dec 13;175(7):1872-1886.e24. pii: S0092-8674(18)31383-7. doi: 10.1016/j.cell.2018.10.030. PubMed PMID: 30449621



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