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在光譜的綠光區(qū)(500nm-525nm)已經發(fā)現(xiàn)了多種熒光蛋白,而且來源廣泛,包括不同種屬的Aequorea 、橈足類動物、文昌魚以及珊瑚。然而多數(shù)有齊聚反應,即使好的熒光蛋白與EGFP相比,也沒有明顯的優(yōu)點?;蛟S目前活細胞成像好的選擇是GFP衍生的Emerald(祖母綠),它與EGFP的特性相似。Emerald包含F64L和S65T突變,另外還有四個點突變從而改進了折疊、37℃時的突變率以及亮度。雖然Emerald比EGFP更有效,但含有快速光漂白成分,可能在某些環(huán)境下其定量成像會受到影響。
熒光蛋白的發(fā)現(xiàn)改變了生命科學研究。它像一盞"分子燈",讓科學家能直接觀察細胞內基因活動、蛋白質互作等原本看不見的過程。綠色熒光蛋白(GFP)在經過改良后變得更亮更穩(wěn)定,又衍生出紅、藍、黃等不同顏色的熒光蛋白,甚至能隨環(huán)境變化或光照改變發(fā)光的狀態(tài),得以滿足多色標記、深層組織成像等需求。現(xiàn)在的市場上新型熒光蛋白的理化特性(如亮度提升、光穩(wěn)定性優(yōu)化、光譜紅移等)為突破成像技術的物理極限提供物質基礎;而先進技術的應用需求(如多色同步追蹤、深層組織成像)又反向推動熒光蛋白的定向改造與功能創(chuàng)新,持續(xù)拓展著生命科學的認知邊界。
下面主要介紹GFP及其衍生型熒光蛋白:
1、綠色熒光蛋白(green fluorescent protein,GFP)
(1)來源
19世紀70年代下村修成功純化了這種發(fā)光的蛋白質,并且命名為水母素多年以后,下村修隔壁的一位科學家道格拉斯普瑞舍(Douglas C. Prasher)從水母中成功克隆了GFP的基因序列,也想讓GFP在生物體內發(fā)光,但是卻沒有成功。不過這位科學家離開的時候他將提取到的基因序列贈予了許多對GFP感興趣的實驗室。1994年馬丁查菲實驗室的研究生吉亞·奧伊斯基興(Ghia Euskirchen)把GFP的基因序列轉入了大腸桿菌和線蟲中,成功看到了綠色熒光。這一發(fā)現(xiàn)證明了GFP能夠和其他蛋白在細胞內融合表達并且不需要熒光素這樣的分子輔助就可以發(fā)出熒光??茖W家們通過熒光就可定位其融合的蛋白,研究蛋白質在活細胞中的定位和功能。
(2)性質
GFP由238個氨基酸殘基組成。GFP序列中的65-67位殘基(Ser65-Tyr66-Gly67)可自發(fā)形成熒光發(fā)色基團——對羥基苯咪唑啉酮GFP的激發(fā)光譜在400nm附近有一個主激發(fā)峰,在470nm附近有一個次激發(fā)峰。發(fā)射光譜在505nm附近有一尖銳的主發(fā)射峰,在540nm附近有一肩峰GFP的化學性質相當穩(wěn)定,無光漂白現(xiàn)象(Photobleaching),用甲醛固定和石蠟包埋亦不影響其熒光性質。在細胞生物學與分子生物學領域中,綠色熒光蛋白基因常被用作報告基因。
(3)野生型
野生型GFP(wild type GFP, wtGFP)從一開始就引起了人們極大的興趣,而且被用作新型的簡單報告基因及體內標記,但GFP在異源生物體中的表達并非那么簡單。例如,研究人員很早就發(fā)現(xiàn)需要在較高的溫度下孵育才能在細胞或生物體中表達GFP,并且wtGFP在37℃的熱穩(wěn)定性差。這些都阻礙了它在轉基因中的應用。這些難題促使人們進一步篩選分離wtGFP的變體?,F(xiàn)在,人們已經找到了熒光強度更強且更耐熱的變體。這些變體多數(shù)為經突變的脫輔基蛋白,它們可防止高溫導致的錯誤折疊。近年來出現(xiàn)的新型wtGFP基因突變體的激發(fā)和發(fā)射譜發(fā)生了改變,熱穩(wěn)定性和熒光強度得到了提高,GFP報告基因在小鼠中的應用就是以這些變體作為基礎的。
(4)增強型綠色熒光蛋白(EGFP)
現(xiàn)在,應用最為廣泛的是紅移變體增強型GFP(EGFP)。諸如EGFP這些紅移變體的最大激發(fā)峰發(fā)生紅向移動,大約為490nm,這一波長也恰好是多數(shù)分光設備、流式細胞儀及共聚焦顯微鏡的常用波長。EGFP有兩個氨基酸突變,當被藍光激發(fā)時,它發(fā)出的熒光要比wtGFP亮30-40倍。wtGFP和包括EGFP在內的多數(shù)變體半衰期長,所以不適合精確追蹤表達的減少或損耗。
(5)增強型黃色熒光蛋白(EYFP)
另一種紅移變體是增強型黃色熒光蛋白(EYFP),該變體有四個氨基酸突變。在527nm時,EYFP的發(fā)射光從綠色變?yōu)辄S綠色。EYFP熒光的亮度水平與EGFP相當。EYFP 抗酸性差、對鹵化物敏感,使它的應用受到限制。在EYFP 基礎上改進的突變體mCitrine[21]和mVenus[22]是目前應用最多的黃色熒光蛋白。
(6)增強型藍色熒光蛋白(EBFP)
在光譜的另一端是藍色/藍綠色變體,包括增強型藍色熒光蛋白(EBFP)變體。它有四個氨基酸突變,激發(fā)波長和發(fā)射波長分別為380nm-405nm和440nm。由于這些突變改進了蛋白折疊和發(fā)色團形成的效率,所以也增強了所發(fā)出熒光的亮度(與藍色變體相比)和蛋白溶解性。但不足之處,就是EBFP產生的熒光信號 大致與wtGFP相當。藍色熒光蛋白發(fā)光較弱,抗光漂白和抗酸性較差,用于細胞成像時背景信號高。針對EBFP開發(fā)的3個更亮的突變體:Azurite (亮度是EBFP的1.6 倍)、EBFP2(亮度是EBFP的2倍,mTagBFP(亮度是EBFP的3.7倍)。最亮的藍色熒光蛋白。mTagBFP 是由紅色熒光蛋白TagRFP突變而來。
(7)增強型藍綠色(青色)熒光蛋白(ECFP)
增強型藍綠色熒光蛋白(ECFP)是發(fā)出藍色/藍綠色熒光的另一種變體,產生的熒光信號要比wtGFP強。ECFP有六個氨基酸突變,發(fā)射光譜從綠色遷移到藍綠色,最大激波長在433nm(主峰)和453nm(次峰),最大發(fā)射在475nm,于510nm處有一肩峰,ECFP另一特點是比其它藍色/藍綠色變體光漂白效應弱,而且比EBFP的亮度強。值得一提的是,wtGFP的主要綠色熒光變體,如EGFP等已經在ES細胞、基因打靶和轉基因小鼠研究中得到充分應用。
2、藍色及藍綠色熒光蛋白(多數(shù)用于亞細胞地位,信號強度高)
雖然EBFP(BFP)是Aequorea GFP來源的最早的光譜變體之一,但其亮度低、光穩(wěn)定性差,使其很久以來沒有引起多數(shù)研究者的注意。改進的藍色Aequorea 熒光蛋白變體與EBFP相比,亮度和光敏感性有明顯增強。這些新的變體被命名為Azurite(石青或藍銅礦)、強力增強型藍色熒光蛋白2(strongly enhanced blue fluorescent protein 2, SBFP2)及EBFP2,它們第一次使得活細胞在藍色光譜區(qū)域成功地長時間成像成為可能。即使這三種熒光蛋白在高濃度的微環(huán)境中表現(xiàn)出很弱的二聚體特性,但是它們能夠在與亞細胞定位的靶蛋白融合中有效地發(fā)揮作用,并且它們能夠很容易地通過濾光片設備與標準的BFP及4', 6-二脒基-2-苯基吲哚(4',6-diamidino-2-phenylindole, DAPI)一起成像。所有這些BFP變體都可以通過A206K突變改造成真正的單體,而且這種突變不會影響它們的特性。更重要的是,亮度強、光穩(wěn)定性強的藍色熒光蛋白EBFP2,是EGFP在活細胞中FRET的很好的供體。
3、黃色熒光蛋白
熒光蛋白的改造遵循這樣一個宗旨,那就是越紅越好.普遍認為,長波長光子的激發(fā)對細胞和組織的光毒性小,且自體熒光和動物組織的光吸收都是最小。這些因素意味著紅色的熒光基團對比度提高(因為背景應該降低),且更適合于體內成像。于是,熒光蛋白的改造慢慢向紅色偏移。
黃色熒光蛋白最早的變體EYFP雖然仍被廣泛應用,但由于其pK a值高、對鹵化物敏感,導致EYFP的應用還很不理想。單體形式的變體檸檬黃(mCitrine)和維納斯(mVenus)是目前應用最多的黃色熒光蛋白探針。
另一種很有應用潛力的黃色熒光蛋白是能量轉移黃色熒光蛋白(yellow fluorescent protein for energy transfer, YPet),它經合成的DNA重排獲得,與熒光激活的細胞分選術結合能夠增強FRET中藍綠色熒光蛋白和黃色熒光蛋白的配對。YPet是已經開發(fā)的亮度強的黃色熒光蛋白,并且有很好的光穩(wěn)定性。YPet對酸性環(huán)境的耐受性要比mVenus及其它黃色熒光蛋白變體強。
4、橙色熒光蛋白
在橙色和紅色波長(約560nm到650nm)光譜區(qū)僅僅開發(fā)了幾種探針。盡管如此,現(xiàn)有的這幾種光譜型的蛋白都是從珊瑚中分離得到的,并且在多種成像情景中顯現(xiàn)出應用潛力,但在對橙色區(qū)域熒光蛋白的命名中存在混亂。通常被命名為紅色熒光蛋白(視覺效果像櫻桃紅)RFP的探針如DsRed、TagRFP及tdTomato,實際上具有明顯的橙色多于紅色的發(fā)射譜。不考慮顏色的指示,用標準的四甲基羅丹明異硫氰酸脂(tetramethyl-rhodamine isothiocyanate, TRITC)濾光片設備,橙色光譜型的蛋白在多種顏色,如藍綠色、綠色和紅色情景中更易于成像。
5、紅色熒光蛋白
紅色熒光蛋白(drFP583 )是在克隆的綠色熒光蛋白(GFP)的基礎上改造的,并在此基礎上進行了大量的研究和改造。通過對GFP進行基因突變和定向誘變技術,科學家們成功開發(fā)出了幾種變體,其中之一就是紅色熒光蛋白(RFP,在綠色光源595-600nm的照射下可發(fā)射紅色熒光,因此,人們對它進行了一系列修飾和改進,得到了寡聚化程度低(甚至單體)和成熟速率快的突變體,商業(yè)化命名為DsRed。與GFP相比,DsRed的激發(fā)和發(fā)射波長較長,其發(fā)射峰位于培養(yǎng)基、組織培養(yǎng)器材及細胞成分等產生的熒光背景范圍之外,具有較高的信噪比;而且在細胞內熒光轉換效率高,更易檢測。較早報道的紅色熒光蛋白(DsRed) 的突變體有mBanana、mOrange、dTomato、mTangerine、mStrawberry 和mCherry。
在活細胞及動物全身成像中需要表現(xiàn)較好的紅色熒光蛋白,主要是由于在多種顏色成像實驗中需要紅色探針,另外基于較長的激發(fā)波長產生的光毒性較小,可以用來探測較深的生物組織。最新研究進展是,通過mRFP1發(fā)色團殘基的直接突變產生的新的熒光蛋白,得到的單體熒光蛋白發(fā)射峰在560nm~610nm,并以相應的水果名字來命名。這其中mStrawberry和mCherry,發(fā)射峰分別為596nm和610nm,亮度分別為EGFP的75%和50%左右。mCherry的光穩(wěn)定性要遠強于mStrawberry,所以長期成為成像實驗中mRFP1好的替代品。這些以水果命名的熒光蛋白單體與mKO和TagRFP共同補了水母紅移熒光蛋白(如YPet)與大量低聚紅色珊瑚熒光蛋白間的空白,并且目前已經商業(yè)化。雖然,某些熒光蛋白缺乏許多成像實驗所需要的亮度和光穩(wěn)定性,但是它們的存在提示我們,最終可以找到跨越整個可見光譜的亮度高、穩(wěn)定性強的單體探針。
6、熒光蛋白突變體
熒光素和熒光素酶
(1)螢火蟲熒光素酶
目前常用的螢火蟲熒光素酶來源于北美螢火蟲(Photinuspyralis),是一個61kDa的單體酶,無需表達后修飾,直接具有全酶活,反應需要底物熒光素以及ATP、O2、Mg2+等的參與。
(2)海腎熒光素酶
海腎熒光素酶來源于海腎(Renillareniformis),是一個36kDa的單體酶,表達后無需修飾,即可具有全酶活。反應只需要腔腸素(Coelenterazine)和O2參與。
(3)Gussia熒光素酶
Gussia熒光素酶來源于夏威夷水域的一種大型海洋溡腳類動物Gaussiaprinceps,是一個19.9kDa的單體酶,只有185個氨基酸,具有一個16aa的分泌性信號肽,可以被細胞分泌到細胞外,可以引導熒光素酶分泌到細胞培養(yǎng)上清中,從而無需裂解細胞即可檢測報告基因活性。
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