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24次組蛋白甲基化測(cè)序是一種用于檢測(cè)和分析組蛋白上甲基化修飾的技術(shù)。甲基化,尤其是在組蛋白賴(lài)氨酸和jīngānsuān殘基上的甲基化,對(duì)于調(diào)節(jié)基因表達(dá)和細(xì)胞功能至關(guān)重要。這種測(cè)序技術(shù)幫助我們理解染色質(zhì)結(jié)構(gòu)如何影響基因的激活和沉默。
組蛋白甲基化
組蛋白甲基化改變是由組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶 (HMT) 和組蛋白去甲基化酶 (HDM) 精心策劃的。通常,組蛋白甲基化發(fā)生在 H3 和 H4 的jīngānsuān和賴(lài)氨酸殘基處。這些殘基可以是單甲基化、二甲基化或三甲基化,賴(lài)氨酸也可以進(jìn)行三甲基化。
圖1. 組蛋白甲基化修飾
組蛋白jīngānsuān甲基化增強(qiáng)轉(zhuǎn)錄,而不同位置的賴(lài)氨酸甲基化產(chǎn)生不同的作用,一些促進(jìn)基因表達(dá),另一些則抑制基因表達(dá)。甲基化程度還賦予不同的功能,例如組蛋白 H3K4 的單甲基化和三甲基化。H3K4me1 通常指定轉(zhuǎn)錄增強(qiáng)子,而 H3K4me3 則標(biāo)記基因啟動(dòng)子。
組蛋白修飾研究方法:ChIP-seq
ChIP-seq是染色質(zhì)免疫沉淀和下一代測(cè)序 (NGS) 的縮寫(xiě),是表觀遺傳學(xué)研究前沿的強(qiáng)大技術(shù)。它將 ChIP 的優(yōu)勢(shì)(分離靶組蛋白修飾)與第二代測(cè)序的jīngquè度無(wú)縫地結(jié)合在一起。通過(guò)使用針對(duì)特定組蛋白修飾定制的抗體,該方法可以對(duì)組蛋白修飾的 DNA 片段進(jìn)行選擇性免疫沉淀。隨后,對(duì)這些 DNA 片段進(jìn)行片段化和測(cè)序,從而揭示整個(gè)基因組中組蛋白修飾的jīngquè位置和相對(duì)豐度。事實(shí)上,ChIP-seq 已經(jīng)發(fā)展成為全面闡明基因組中組蛋白修飾分布的黃金標(biāo)準(zhǔn)。
組蛋白修飾和 DNA 甲基化作為關(guān)鍵的表觀遺傳標(biāo)記,對(duì)染色質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能產(chǎn)生深遠(yuǎn)影響。它們有助于調(diào)節(jié)多種重要的生物過(guò)程,例如基因表達(dá)、DNA 復(fù)制和修復(fù)。這兩種表觀遺傳機(jī)制之間錯(cuò)綜復(fù)雜的相互作用對(duì)于維持生理平衡至關(guān)重要,并且在各種疾病狀態(tài)中至關(guān)重要。
例如,與需要單獨(dú)的實(shí)驗(yàn)方法來(lái)檢測(cè)組蛋白修飾和 DNA 甲基化的早期方法相比,ChIP-seq 技術(shù)有助于對(duì)組蛋白修飾進(jìn)行有針對(duì)性的研究。BS-seq等補(bǔ)充技術(shù) 用于jīngquè檢測(cè) DNA 甲基化模式。重要的是,這種創(chuàng)新方法不僅提高了研究效率,而且還可以對(duì)表觀遺傳標(biāo)記進(jìn)行更全面的分析。必須強(qiáng)調(diào)的是,傳統(tǒng)方法不僅需要大量樣本,而且缺乏同時(shí)評(píng)估多個(gè)表觀遺傳標(biāo)記的能力。
組蛋白甲基化測(cè)序的發(fā)展為研究表觀遺傳學(xué)提供了一種強(qiáng)大的工具,有助于揭示基因表達(dá)調(diào)控的復(fù)雜性和疾病的潛在機(jī)制。
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