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人工智能預測蛋白質(zhì)結構-AI 時代的實驗室設備的新標向

來源:蘇州阿爾法生物實驗器材有限公司   2025年05月21日 16:01  

人工智能技術在生物學領域的應用正在重塑科研范式。近年來,蛋白質(zhì)結構預測領域迎來革命性突破,其中 DeepMind 開發(fā)的 AlphaFold 系列模型成為標志性成果。從 AlphaFold2 精準解析蛋白質(zhì)單體結構,到 AlphaFold3 實現(xiàn)蛋白質(zhì)與 DNA、RNA、小分子等多分子互作的高精度預測,這一技術不僅攻克了困擾科學界 50 年的蛋白質(zhì)折疊難題,更推動生命科學研究進入 "AI 驅(qū)動" 的新紀元。

一、AlphaFold:從原子級預測到多分子互作的跨越

AlphaFold3 作為新一代模型,通過引入擴散技術和 Pairformer 模塊,實現(xiàn)了三大核心突破:

1. 預測范圍擴展:從單一蛋白質(zhì)結構到蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì) - 核酸、蛋白質(zhì) - 配體等復雜復合體,例如在 2025 年 Nature 發(fā)表的研究中,科學家結合冷凍電鏡與 AlphaFold3,揭示了 SIFI 蛋白復合體調(diào)控細胞應激反應的分子機制。該復合體通過 1.3MDa 的巨型腳手架結構,精準識別并降解受損蛋白,其鈣調(diào)蛋白鉸鏈區(qū)的動態(tài)構象變化為開發(fā)新型 PROTAC 藥物提供了關鍵靶點。

2. 預測精度躍升:在蛋白質(zhì) - 小分子互作預測中,AlphaFold3 的準確率比傳統(tǒng)方法提升 50%,例如在瘧疾病原體 Pfs48/45 蛋白結構解析中,結合 AI 預測與實驗數(shù)據(jù),研究團隊成功推進疫苗進入人體試驗階段。

3. 推理效率優(yōu)化ASC25 超算大賽中,參賽團隊通過優(yōu)化 AlphaFold3 代碼,在保持模型精度的前提下將推理速度提升至分鐘級,為百萬級蛋白質(zhì)序列預測奠定基礎。

二、AI 驅(qū)動的生命科學研究新范式

(一)藥物研發(fā)的加速革命

AlphaFold3 的應用正在改寫藥物發(fā)現(xiàn)流程:

· 靶點發(fā)現(xiàn):針對抗生素耐藥性問題,科羅拉多大學團隊利用 AlphaFold3 在 30 分鐘內(nèi)解析了困擾學界十年的細菌耐藥蛋白結構,為開發(fā)新型抑菌劑提供了關鍵結構信息。

· 分子設計Insilico Medicine 團隊結合 AlphaFold3 與自動化藥物設計平臺 Pharma.AI,僅用 30 天便完成原發(fā)性肝癌治療靶點的抑制劑設計與合成,7 種候選化合物進入臨床前驗證。

· 抗體工程:通過預測抗體 - 抗原結合界面,研究人員成功改造細菌 "納米注射器" 尾部纖維,實現(xiàn)靶向癌細胞的精準藥物遞送。

(二)基礎科學的深度突破

在基礎研究領域,AlphaFold3 展現(xiàn)出強大的探索能力:

· 細胞信號通路解析EMBL 團隊利用 AlphaFold3 預測 mTOR 復合體三維結構,與冷凍電鏡結果高度吻合,加速了細胞生長調(diào)控機制的研究。

· 罕見病機制研究:針對家族性淀粉樣變性,AI 預測揭示了突變位點如何破壞蛋白質(zhì)核心折疊域,為基因醫(yī)學研究提供理論支撐。

· 合成生物學創(chuàng)新:通過模擬人工設計蛋白與天然蛋白的互作界面,研究人員優(yōu)化了酶級聯(lián)反應路徑,推動生物催化產(chǎn)業(yè)升級。

三、阿爾法生物:AI 時代的實驗創(chuàng)新伙伴

  作為生命科學領域的實驗室儀器設備和試劑耗材供應者,深度布局 AI 驅(qū)動的實驗解決方案,通過提供蛋白電泳凝膠成像系統(tǒng)、密封細胞培養(yǎng)系統(tǒng)、細胞培養(yǎng)工廠 等核心產(chǎn)品,為 AI 預測蛋白質(zhì)結構的落地應用提供高效實驗支撐。

(一)高性能搖瓶系統(tǒng):全場景細胞培養(yǎng)的可靠載體

高性能搖瓶系列(2L/3L/5L)深度適配 AI 驅(qū)動的蛋白質(zhì)表達需求,從材質(zhì)安全到功能設計均體現(xiàn)對細胞培養(yǎng)全流程的精準把控:


細胞培養(yǎng)搖瓶


1. 材質(zhì)與安全標準

· 核心材質(zhì)優(yōu)勢:瓶身采用聚碳酸酯(PC)材質(zhì),符合 ISO 10993 生物相容性及 USP<661> 藥 塑料標準,透明度高(透光率≥90%)便于實時觀察細胞狀態(tài),抗沖擊力較普通 PET 材質(zhì)提升 3 倍,可承受 1.5m 高度跌落無破損。同時具備優(yōu)異的耐化學性與耐高溫性,支持 121℃高壓蒸汽滅菌(30 分鐘)及 - 80℃低溫凍存,滿足嚴苛的滅菌與存儲需求。

· 合規(guī)性保障:通過內(nèi)毒素檢測(≤0.1EU/mL)、無菌檢測(薄膜過濾法驗證)、無 DNA/RNA 酶殘留(檢測限 < 0.1ng/μL)及細胞培養(yǎng)測試(CHO 細胞活性≥98%),符合制藥企業(yè) GMP 車間的無菌操作規(guī)范。

2. 人性化設計提升操作效率

· 可視化與便捷性:瓶身刻度采用激光蝕刻工藝,清晰度達 0.1mm 精度,即使在搖晃狀態(tài)下也能準確讀取培養(yǎng)基容量;5L 搖瓶配備人體工學把手,頸圈與瓶身貼合度達 98%,避免拎取時打滑,加長瓶頸設計(較傳統(tǒng)搖瓶延長 15mm)使倒液時手部遠離瓶口,降低污染風險。

· 功能細節(jié)優(yōu)化:口部采用防掛液斜面設計,傾倒殘留量≤0.5mL,減少培養(yǎng)基浪費;底部四周平整化處理,與搖床黏板接觸面積增加 30%,高速振蕩(≥300rpm)時穩(wěn)定性提升 50%,有效避免因搖瓶傾斜導致的細胞貼壁不均問題。

3. 培養(yǎng)性能深度優(yōu)化

· 氣體交換系統(tǒng):透氣蓋內(nèi)置 0.2μm 疏水聚四氟乙烯(PTFE)膜,透氣速率達 500mL/min?atm,可阻擋≥0.22μm 的微生物(包括支原體、噬菌體),同時保證 O?/CO?高效交換,維持細胞對數(shù)生長期延長 12-24 小時。實測數(shù)據(jù)顯示,使用該搖瓶培養(yǎng) HEK293 細胞時,細胞密度可達 1.8×10? cells/mL,較傳統(tǒng)搖瓶提升 25%。

· 空間效率革命3L 搖瓶采用底部弧形收窄設計,直徑較同類產(chǎn)品減小 10%,單臺搖床可放置數(shù)量增加 40%,顯著降低客戶在設備采購與實驗室空間上的成本。2L/3L/5L 搖瓶保持統(tǒng)一的頸部螺紋規(guī)格,適配通用型搖瓶夾具,滿足從小規(guī)模篩選(2L)到中試放大(5L)的無縫切換需求。

(二)蛋白電泳凝膠成像系統(tǒng):AI 預測結果的快速驗證樞紐

蛋白電泳凝膠成像系統(tǒng),為 AI 設計蛋白的結構驗證提供關鍵技術支持:

通過整合 Tanon Chemi Dog ULTRA 全自動多功能成像系統(tǒng),為 AI 預測蛋白質(zhì)結構的實驗驗證提供流程解決方案。該系統(tǒng)以科研級成像硬件、智能光源控制、自動化工作流 三大核心技術為基礎,構建從蛋白電泳到結構分析的高效驗證平臺,助力科研人員快速實現(xiàn) AI 設計蛋白的功能確認與優(yōu)化。

天能凝膠成像系統(tǒng)

1. 超靈敏成像硬件:捕捉納米級蛋白信號

Tanon Chemi Dog ULTRA 搭載科研級深度制冷 CCD 相機 -30℃恒溫制冷),配合 F0.85 超大光圈全自動鏡頭,可檢測低至 0.1ng 的蛋白條帶,信噪比≥76dB。其背照式濾光片輪設計5 位自動切換)能精準匹配多種熒光染料(如 SYPRO Ruby、Fluorescein),通過消除環(huán)境光干擾,使熒光成像背景噪聲降低 50% 以上。在某高校團隊驗證 AlphaFold 設計的膜蛋白實驗中,該系統(tǒng)成功捕捉到傳統(tǒng)凝膠成像儀無法識別的跨膜區(qū)二硫鍵熒光信號,助力解析膜蛋白折疊機制。

2. 智能光源控制系統(tǒng):多模態(tài)實驗兼容

系統(tǒng)配備高功率 LED 激發(fā)光源302nm/365nm/470nm 三波長可選),支持化學發(fā)光、核酸染色、菌落成像等多場景需求。其 AI 智能優(yōu)化算法可自動調(diào)節(jié)曝光時間(0.1 秒 - 60 分鐘)與光圈參數(shù),確保同一張圖像中強弱信號同時清晰呈現(xiàn)。例如在驗證 AI 設計的病毒刺突蛋白變體時,系統(tǒng)通過自動優(yōu)化 ECL 發(fā)光成像參數(shù),將條帶灰度值差異分析精度提升至 ±2%,縮短突變體篩選周期。

3. 雙屏互聯(lián)操作:高效實驗流程管理

· 12.1 寸內(nèi)嵌式觸摸屏集成全中文操作軟件,支持一鍵切換拍攝模式(如 SDS-PAGE、Western Blot),并實時顯示相機溫度、光源強度等關鍵參數(shù)。

· 4.6 寸狀態(tài)顯示屏獨立展示實驗進度與設備運行狀態(tài),避免主屏幕操作干擾。

4. 自動化工作流:從成像到分析的無縫銜接

· 智能對焦與進樣系統(tǒng):支持 96 孔板自動上樣與焦距調(diào)節(jié),配合預制膠試劑盒(如 4-20% 梯度膠),可實現(xiàn)單日 2000 + 樣本的高通量篩選。

·  AI 設計的蛋白質(zhì)序列到實驗室中的可視化驗證,Tanon Chemi Dog ULTRA 全自動多功能成像系統(tǒng)憑借其高靈敏度、智能控制、自動化流程 的核心優(yōu)勢,正成為連接 “數(shù)據(jù)模型” 與 “濕實驗” 的關鍵樞紐。

 

(三)耐思細胞工廠:工業(yè)級貼壁細胞培養(yǎng)的規(guī)模化解決方案

阿爾法生物引入的耐思多層細胞培養(yǎng)器(細胞工廠),專為工業(yè)級貼壁細胞培養(yǎng)設計,通過高密度空間利用、全流程無菌控制、線性放大兼容性三大核心優(yōu)勢,成為 AI 驅(qū)動蛋白質(zhì)大規(guī)模生產(chǎn)的理想載體,尤其適用于疫苗、單克隆抗體、重組蛋白等生物藥的工業(yè)化生產(chǎn)場景。

1. 立體集約化設計:空間效率與產(chǎn)能的雙重突破

· 多層級規(guī)格覆蓋:提供 1 層、2 層、5 層、10 層、15 層、40 層等多樣化規(guī)格,單套 40 層細胞工廠占地面積僅 1.2m2,培養(yǎng)面積達 8000cm2,較傳統(tǒng)搖瓶系統(tǒng)節(jié)省 90% 廠房空間,同時實現(xiàn)細胞培養(yǎng)規(guī)模的線性放大(放大倍數(shù) 1-40 倍),且不改變細胞生長動力學參數(shù)(如倍增時間、代謝速率)。 上海一疫苗企業(yè)使用 10 層細胞工廠生產(chǎn) AlphaFold 優(yōu)化的流感病毒樣顆粒(VLP),年產(chǎn)量較傳統(tǒng)工藝提升 3 倍,生產(chǎn)成本降低 40%。

· 培養(yǎng)表面優(yōu)化:采用醫(yī)用級聚苯乙烯材質(zhì),表面經(jīng) TC(組織 culture)處理,親水性提升 30%,貼壁因子吸附效率達 95%,支持 CHO-K1、Vero、MDCK 等多種貼壁細胞的高密度生長,細胞密度可達 1.5×10? cells/cm2,較傳統(tǒng)培養(yǎng)瓶提升 50%。

2. 全鏈條無菌保障:從生產(chǎn)到使用的安全閉環(huán)

· 滅菌工藝革新:嚴格遵循 ISO 11137 標準進行 γ 射線輻照滅菌(劑量 25-35kGy),無菌保障水平(SAL)達 10??,經(jīng)薄膜過濾法驗證無微生物殘留;獨立雙層無菌包裝設計,開箱即可直接接入生物反應器系統(tǒng),避免傳統(tǒng)清洗滅菌流程的二次污染風險。

· 防污染結構設計:透氣蓋內(nèi)置 0.2μm 疏水 PTFE 膜,透氣速率達 800mL/min?atm,可阻擋支原體、噬菌體等微生物,同時維持培養(yǎng)環(huán)境的 O?/CO?平衡;旋脫蓋設計適配 Corning 轉(zhuǎn)換接頭,支持無菌接管操作,確保從細胞接種到產(chǎn)物收獲的全流程密閉運行。


細胞工廠


3. 工藝兼容性與生產(chǎn)便利性

· 流體力學優(yōu)化:內(nèi)部采用大通道流道設計(寬度≥5mm),液體平衡時間較傳統(tǒng)細胞工廠縮短 40%,配合傾斜式培養(yǎng)層設計,可減少氣泡滯留與液流死角,使營養(yǎng)物質(zhì)分布均勻性提升至 98%。在 AI 設計的人血清白蛋白生產(chǎn)中,通過細胞工廠與連續(xù)灌流系統(tǒng)聯(lián)動,目標蛋白收率從 5g/L 提升至 12g/L。

· 超聲波焊接工藝:采用無添加焊接技術,避免傳統(tǒng)膠粘工藝的溶出物風險,焊接線強度達 20N/mm2,可承受 1.5kPa 內(nèi)部壓力,同時減少顆粒物產(chǎn)生(粒徑>5μm 的顆?!? 個 / 套),符合 FDA 對生物制品生產(chǎn)設備的可提取物(E&L)控制要求。

· 模塊化附件支持:提供密封蓋、透氣蓋、快接頭等配套組件,支持培養(yǎng)基灌注、細胞收獲、在線監(jiān)測等操作的快速切換;配合專用轉(zhuǎn)移車,可實現(xiàn)多層細胞工廠的無菌轉(zhuǎn)移,降低人工操作強度與污染風險。

4. 合規(guī)化生產(chǎn)與質(zhì)量體系

· GMP 級生產(chǎn)管控:在萬級潔凈間內(nèi)生產(chǎn),工藝經(jīng)過 DOE(實驗設計)驗證,關鍵參數(shù)(如焊接溫度、滅菌劑量)全程可追溯,提供完整的 DQ/IQ/OQ 文件包,滿足 FDA、EMA、NMPA 等監(jiān)管機構的現(xiàn)場審計要求。

· 規(guī)?;瘧冒咐?/span>:某生物制藥企業(yè)使用 40 層細胞工廠進行 AlphaFold 設計的雙特異性抗體生產(chǎn),通過優(yōu)化貼壁培養(yǎng)工藝,單批次細胞活性維持≥95% 達 14 天,抗體產(chǎn)量突破 500mg/L,較懸浮培養(yǎng)工藝成本降低 35%。

        從 AI 預測的蛋白質(zhì)結構模型,到實驗室里的高效表達到工業(yè)化生產(chǎn)的規(guī)模放大,阿爾法生物正成為連接 “數(shù)據(jù)科學” 與 “濕實驗” 的關鍵橋梁。選擇阿爾法生物的實驗室儀器、實驗耗材 ,不僅是獲取高品質(zhì)的實驗工具,更是加入 AI 驅(qū)動生命科學研究的前沿陣營 —— 讓每一個富有想象力的蛋白質(zhì)結構預測,都能在現(xiàn)實世界中找到落地的起點。

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