ABI 4404689 3500xL 遺傳分析儀用戶指南

一、產(chǎn)品概述

ABI 4404689 3500xL 遺傳分析儀是賽默飛世爾科技（Thermo Fisher Scientific）旗下Applied Biosystems品牌推出的一款24道毛細(xì)管電泳平臺(tái)，專為高通量基因分析設(shè)計(jì)。該儀器采用50 cm長(zhǎng)毛細(xì)管陣列，單次運(yùn)行時(shí)間約125分鐘，支持基因片段分析、蛋白質(zhì)質(zhì)量分析及DNA測(cè)序等應(yīng)用，廣泛應(yīng)用于法醫(yī)學(xué)、臨床診斷、藥物基因組學(xué)及農(nóng)業(yè)生物技術(shù)領(lǐng)域。

二、技術(shù)規(guī)格

• 毛細(xì)管配置：24道預(yù)裝配毛細(xì)管陣列（50 cm長(zhǎng)度），內(nèi)置框架便于安裝

• 運(yùn)行時(shí)間：125分鐘（標(biāo)準(zhǔn)測(cè)序模塊）

• 檢測(cè)靈敏度：支持≥420 bp讀長(zhǎng)（36 cm毛細(xì)管+POP-4™聚合物）

• 通量：

• HID模式：≥936份樣品/天（POP-7™聚合物+50 cm毛細(xì)管）

• 測(cè)序模式：≥264份樣品/天

• 操作系統(tǒng)：Windows 7 SP1（64位）

• 軟件兼容性：GeneMapper® ID-X、Sequencing Analysis v5.4

• 耗材管理：RFID技術(shù)實(shí)時(shí)追蹤聚合物、緩沖液及毛細(xì)管使用狀態(tài)

• 運(yùn)行環(huán)境：室溫15–30°C，濕度20–80%（非冷凝）

三、核心功能與應(yīng)用

1. 高精度片段分析

• 支持STR基因座分型、微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（MSI）檢測(cè)及SNP驗(yàn)證。

• 內(nèi)標(biāo)（如GeneScan™ 600 LIZ™）確保片段大小準(zhǔn)確性，適用于法醫(yī)人類身份鑒定及腫瘤遺傳學(xué)研究。

2. 高通量測(cè)序

• 兼容POP-4™、POP-7™等多種聚合物，滿足不同測(cè)序需求。

• 搭配BigDye® Terminator v3.1測(cè)序試劑盒，實(shí)現(xiàn)高效、準(zhǔn)確的DNA測(cè)序。

3. 蛋白質(zhì)質(zhì)量分析

• 結(jié)合Hi-Di™ Formamide變性劑，可對(duì)蛋白質(zhì)樣品進(jìn)行毛細(xì)管電泳分離，適用于蛋白質(zhì)組學(xué)研究。

四、操作流程

（一）儀器準(zhǔn)備

1. 開機(jī)自檢

• 打開電腦及3500xL電源，啟動(dòng)3500 Data Collection Software。

• 監(jiān)控系統(tǒng)狀態(tài)，確保陰極緩沖液（CBC）、陽(yáng)極緩沖液（ABC）及毛細(xì)管耗材充足。

2. 耗材安裝

• 使用RFID掃描耗材包裝，確認(rèn)有效期及批次信息。

• 安裝毛細(xì)管陣列時(shí)，確保毛細(xì)管未包被且無(wú)氣泡。

（二）樣品制備

1. 測(cè)序反應(yīng)

• 推薦使用EdgeBio收集柱純化質(zhì)粒DNA（OD260/OD280=1.6–2.0，用量150–300 ng）。

• PCR產(chǎn)物測(cè)序前需純化，避免引物二聚體干擾。

2. 上樣體系

• 測(cè)序：10 μL Hi-Di™ Formamide + 10 μL純化樣品，振蕩混勻后離心。

• 片段分析：按試劑盒說(shuō)明配制上樣體系（如甲酰胺、分子量?jī)?nèi)標(biāo)、PCR產(chǎn)物）。

（三）運(yùn)行設(shè)置

1. 創(chuàng)建平板

• 在3500 Data Collection Software中選擇“Create Plate from Template”，輸入平板名稱及參數(shù)（如毛細(xì)管長(zhǎng)度、聚合物類型）。

• 分配樣品名稱及檢測(cè)項(xiàng)目（Assays），保存平板信息。

2. 啟動(dòng)運(yùn)行

• 將96孔板放入自動(dòng)進(jìn)樣器，點(diǎn)擊“Start Run”。

• 運(yùn)行過程中，可通過“Monitor Run”界面實(shí)時(shí)查看電泳圖譜及電流、電壓、溫度（EPT）參數(shù)。

（四）數(shù)據(jù)分析

1. 原始數(shù)據(jù)導(dǎo)出

• 運(yùn)行結(jié)束后，在“Review Results”界面查看電泳結(jié)果。

• 導(dǎo)出原始數(shù)據(jù)（ab1格式）至Sequencing Analysis v5.4進(jìn)行堿基識(shí)別。

2. 結(jié)果解讀

• 使用GeneMapper® ID-X軟件分析STR分型結(jié)果，設(shè)置閾值及等位基因階梯（Allelic Ladder）。

• 測(cè)序結(jié)果通過QC報(bào)告（如QV評(píng)分）評(píng)估堿基準(zhǔn)確性。

五、維護(hù)與校準(zhǔn)

1. 日常維護(hù)

• 每周檢查陰極緩沖液液面，補(bǔ)充雙蒸水至毛細(xì)管插入液面下。

• 清潔儀器表面，避免使用有機(jī)溶劑。

2. 校準(zhǔn)

• 空間校準(zhǔn)：選擇“Maintainance → Calibrate → Spatial”，按提示完成校準(zhǔn)。

• 光譜校準(zhǔn)：更換毛細(xì)管或試劑盒時(shí)，執(zhí)行光譜校準(zhǔn)（需6色系統(tǒng)光譜校準(zhǔn)試劑）。

3. 耗材更換

• 聚合物消耗：POP-4™（384份樣品/14天）、POP-7™（960份樣品/50次進(jìn)樣）。

• 毛細(xì)管壽命：建議每6–12個(gè)月更換一次。

六、注意事項(xiàng)

1. 安全規(guī)范

• 本儀器僅供科研使用，不可用于臨床診斷。

• 操作時(shí)佩戴手套及護(hù)目鏡，避免接觸高濃度甲酰胺。

2. 環(huán)境要求

• 室溫波動(dòng)需控制在±2°C以內(nèi)，濕度過高可能導(dǎo)致毛細(xì)管結(jié)露。

3. 故障排除

• 如遇毛細(xì)管堵塞，可嘗試“Remove Bubbles”功能或聯(lián)系技術(shù)支持。

• 數(shù)據(jù)質(zhì)量異常時(shí)，檢查耗材狀態(tài)及校準(zhǔn)參數(shù)。