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顯微鏡的類(lèi)型有許多。最常見(jiàn)的（和第一個(gè)被發(fā)明的）是光學(xué)顯微鏡，主要的顯微鏡類(lèi)型包括電子顯微鏡、掃描探針顯微鏡等。其他尚有像紫外線(xiàn)顯微鏡、X光顯微鏡、場(chǎng)離子顯微鏡等，僅用于較專(zhuān)門(mén)需要而開(kāi)發(fā)的，少量生產(chǎn)的特種用途顯微鏡。
光學(xué)顯微鏡
利用透鏡放大物像送到眼睛或成像儀器，分辨率大約為一微米，可以看到細(xì)胞大小的物品。一般來(lái)說(shuō)顯微鏡大都是指光學(xué)顯微鏡，光學(xué)顯微鏡依設(shè)計(jì)的不同，又可分為正立顯微鏡、倒立顯微鏡（又稱(chēng)倒置顯微鏡）和解剖顯微鏡（又稱(chēng)實(shí)體顯微鏡或立體顯微鏡）；又有偏光顯微鏡：又稱(chēng)為巖石顯微鏡、礦物顯微鏡或金屬顯微鏡，用以觀察巖石、礦物及金屬表面，是利用光的不同性質(zhì)（偏光）而做成的；相襯顯微鏡：觀察變形蟲(chóng)、草履蟲(chóng)等透明生物時(shí)，所使用的顯微鏡。它的特殊裝置可以將光透過(guò)生物體所產(chǎn)生的偏差，改變?yōu)槊靼挡煌?；又結(jié)合光學(xué)顯微鏡并利用激光光作為光源，以達(dá)到特殊觀察需求的有共聚焦顯微鏡（又譯作共軛焦顯微鏡）。
電子顯微鏡
在20世紀(jì)初的一種光學(xué)顯微鏡顯著替代被開(kāi)發(fā)，利用電子而不利用光線(xiàn)來(lái)產(chǎn)生圖像。于1931年，恩斯特·魯斯卡（Ernst Ruska）開(kāi)始開(kāi)發(fā)第一個(gè)電子顯微鏡- 透射電子顯微鏡（TEM）。透射電子顯微鏡的工作原理和光學(xué)顯微鏡有相同的原理，但在使用光的地方用電子代替，在使用玻璃透鏡的地方用電磁鐵代替。使用電子而不是光線(xiàn)允許更高的分辨率。
緊接著透射電子顯微鏡的開(kāi)發(fā)，是馬克斯·諾爾在1935年開(kāi)發(fā)的掃描電子顯微鏡（SEM）。
掃描探針顯微鏡
是機(jī)械式地用探針在樣本上掃描移動(dòng)以探測(cè)樣本影像的顯微鏡。
掃描隧道顯微鏡
STM用來(lái)看金屬表面，它是利用量子物理的穿隧效應(yīng)。古典物理認(rèn)為，物質(zhì)不能穿過(guò)位壘，但量子物理告訴我們：物質(zhì)有機(jī)會(huì)穿過(guò)位壘，而他穿過(guò)位壘的幾率和位壘的寬度有關(guān)。利用一通電的針狀物體，靠近金屬表面，則電場(chǎng)使電子附近的位能出現(xiàn)位壘形式，此時(shí)就有機(jī)會(huì)觀測(cè)到跑出金屬表面的電子，再利用穿過(guò)位壘的幾率和位壘的寬度有關(guān)的特性，就可以推出針到金屬表面的距離，因此可"看"到金屬表面。
原力電子顯微鏡
原子力顯微鏡（Atomic Force Microscope，簡(jiǎn)稱(chēng)AFM）用來(lái)探測(cè)樣本表面與探針交互作用力，推出探針到樣本表面的距離，因此可“看”到非金屬或金屬表面。
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