1. cDNA產(chǎn)量的很低
可能的原因：
*RNA模板質(zhì)量低
*對mRNA濃度估計過高
*反應(yīng)體系中存在反轉(zhuǎn)錄酶抑制劑或反轉(zhuǎn)錄酶量不足
*同位素磷32過期
*反應(yīng)體積過大，不應(yīng)超過50μl

2. 擴增產(chǎn)物在電泳分析時沒有條帶或條帶很淺
*最常見的原因在于您的反應(yīng)體系是PCR的反應(yīng)體系而不是RT-PCR的反應(yīng)體系
*與反應(yīng)起始時RNA的總量及純度有關(guān)
*建議在試驗中加入對照RNA
*第一鏈的反應(yīng)產(chǎn)物在進行PCR擴增時，在總的反應(yīng)體系中的含量不要超過1/10
*建議用Oligo(dT)或隨機引物代替基因特異性引物（GSP）用于第一鏈合成。由于RNA模板存在二級結(jié)構(gòu)，如環(huán)狀結(jié)果，有可能導致GSP無法與模板退火；或SSⅡ反轉(zhuǎn)錄酶無法從此引物進行有效延伸。
*目的mRNA中含有強的轉(zhuǎn)錄中止位點，可以試用以下方法解決：
a. 將第一鏈的反應(yīng)溫度提高至50℃。
b. 使用隨機六聚體代替Oligo(dT)進行第一鏈反應(yīng)。

3. 產(chǎn)生非特異性條帶
*用RT陰性對照檢測是否被基因組DNA污染。如果RT陰性對照的PCR結(jié)果也顯示同樣條帶，則需要用DNase I重新處理樣品。
*在PCR反應(yīng)中，非特異的起始擴增將導致產(chǎn)生非特異性結(jié)果。在低于引物Tm 2至5℃的溫度下進行退火，降低鎂離子或是目的DNA的量將減少非特異性結(jié)果的產(chǎn)生。
*由于mRNA剪切方式的不同，根據(jù)選擇引物的不同將導致產(chǎn)生不同的RT-PCR結(jié)果。

4. 產(chǎn)生彌散（smear）條帶
*在PCR反應(yīng)體系中第一鏈產(chǎn)物的含量過高
*減少引物的用量
*優(yōu)化PCR反應(yīng)條件/減少PCR的循環(huán)次數(shù)
*在用DNase處理被DNA污染的RNA樣品時，其產(chǎn)生的寡核苷酸片段會產(chǎn)生非特異性擴增，一般會顯示為彌散背景。

5. 產(chǎn)生大分子量的彌散條帶
*大多數(shù)情況下是由于退火溫度過低而導致的非特異性的起始及延伸產(chǎn)生的
*對于長片段的PCR，建議將反應(yīng)體系中cDNA的濃度稀釋至1:10（或1:100-1:200）

6. 在無反轉(zhuǎn)錄酶的情況下，對照RNA獲得擴增結(jié)果
*通常是由于對照RNA中含有痕量DNA而導致的。由于進行體外轉(zhuǎn)錄時不可能將所有的DNA模板消除。建議可將第一鏈cDNA稀釋1:10、1:100、1:1000倍以消除DNA污染所造成的影響。
*有可能是引物二聚體的條帶

7. 擴增產(chǎn)物滯留在加樣孔中
*有可能是由于模板量過高而導致PCR結(jié)果產(chǎn)生了高分子量的DNA膠狀物。建議將第一鏈結(jié)果至少稀釋100倍再進行二次擴增。
*另外，在二次PCR時使用的退火溫度如果比引物的Tm值低5℃，可以將退火溫度適當增高或進行熱啟動以提高特異性。

8. SSⅢ與SSⅡ有何不同？
*具有更高的熱穩(wěn)定性（達50℃）
*具有更長的半衰期（達220分鐘）
*對PCR無抑制
*干冰運輸
*Tdt活性更低
9. 為什么有人更喜歡用SSⅢ而不是ThermoScript？

ThermoScript如果保存不當會引起活性很快降低，SSⅢ則更穩(wěn)定。