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蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位系統(tǒng)的生物分子質(zhì)譜成像（MSI）技術(shù)已成功用于直接分析生物組織切片．不僅避免了繁瑣的樣品提取、純化和分離步驟，而且能夠獲取生物組織中蛋白質(zhì)和多肽表達(dá)譜。并繪制二維質(zhì)譜圖像。質(zhì)譜成像技術(shù)不需要預(yù)知蛋白的種類，不要要抗體標(biāo)記，甚至不需要熒光染色，就能鑒定出未知的蛋白質(zhì)．

目前蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位系統(tǒng)已廣泛用于生理和病理組織中蛋白質(zhì)的表達(dá)以及其他分子標(biāo)志物的發(fā)現(xiàn)。這一方法能夠使HE染色與質(zhì)譜成像（MSI）的結(jié)果很好地關(guān)聯(lián)起來。

蛋白質(zhì)是基因功能的主要執(zhí)行者,對(duì)蛋白質(zhì)功能進(jìn)行研究是基因組學(xué)研究領(lǐng)域的重中之重。然而,每種亞細(xì)胞為蛋白質(zhì)行使特定功能提供了場所,蛋白質(zhì)只有轉(zhuǎn)運(yùn)到其相應(yīng)的的亞細(xì)胞中,才能正確的發(fā)揮作用,支持生命活動(dòng)健康有序的進(jìn)行,否則,將會(huì)造成機(jī)體功能紊亂,甚至威脅到生命健康。因此,對(duì)蛋白質(zhì)所處的亞細(xì)胞位點(diǎn)進(jìn)行研究預(yù)測是研究蛋白質(zhì)功能的基礎(chǔ),同時(shí)也為研究某些疾病的發(fā)病機(jī)理以及研制針對(duì)疾病的新藥物提供了研究理論基礎(chǔ)。生物信息學(xué)和基因組學(xué)的快速發(fā)展,使實(shí)驗(yàn)所得數(shù)據(jù)庫中蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)以幾何方式倍增,研究由原來運(yùn)用傳統(tǒng)方式逐漸開始改用生物信息學(xué)的手段進(jìn)行處理海量數(shù)據(jù)。而且,由于很多實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)表明30%以上的蛋白質(zhì)可以同時(shí)位于多個(gè)亞細(xì)胞位置或者在多個(gè)亞細(xì)胞間游走,研究也由對(duì)蛋白質(zhì)亞細(xì)胞進(jìn)行單位點(diǎn)預(yù)測轉(zhuǎn)變?yōu)槎辔稽c(diǎn)預(yù)測。因此,運(yùn)用生物信息學(xué)的手段進(jìn)行多位點(diǎn)蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位預(yù)測是目前研究的熱門方向。采用生物信息學(xué)的方法進(jìn)行多位點(diǎn)蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位預(yù)測通常分為四步:一是構(gòu)建有效的多位點(diǎn)蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)集;二是對(duì)構(gòu)建的數(shù)據(jù)集進(jìn)行全面有效的特征提取;三是分類器的選取,由于多位點(diǎn)蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位預(yù)測是一個(gè)典型的多標(biāo)記學(xué)習(xí)問題,因此選用合適的多標(biāo)簽分類算法是研究預(yù)測的關(guān)鍵一步;四是對(duì)預(yù)測算法的評(píng)估,通過預(yù)測結(jié)果評(píng)估分類算法的好壞。