WAKO測(cè)序級(jí)天冬氨酰蛋白內(nèi)切酶Asp-N

WAKO測(cè)序級(jí)天冬氨酰蛋白內(nèi)切酶Asp-N

人類(lèi)蛋白質(zhì)組圖譜為超過(guò)90%的蛋白質(zhì)編碼基因提供了其蛋白質(zhì)翻譯證據(jù)，而由于選擇性剪接事件的存在，人類(lèi)基因組約20,000個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因中的蛋白質(zhì)組多樣性顯著增加。因此，精確檢測(cè)蛋白質(zhì)多樣性對(duì)于理解生物學(xué)功能至關(guān)重要。但由于目前蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)的局限性，常用的蛋白質(zhì)組學(xué)檢測(cè)方法是通過(guò)部分肽段序列來(lái)確定整個(gè)蛋白質(zhì)的，其序列覆蓋率不足以表征樣本中存在的所有蛋白質(zhì)狀態(tài)。

◆實(shí)驗(yàn)概況

研究人員使用6種不同的蛋白酶（Trypsin、LysC、LysN、GluC、AspN、Chymotrypsin，其中前5種蛋白酶FUJIFILM Wako均可提供）消化6種人類(lèi)細(xì)胞系蛋白質(zhì)，碎片化后進(jìn)行液相色譜分離和串聯(lián)質(zhì)譜分析。從17,717個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因或蛋白質(zhì)組中識(shí)別100萬(wàn)條特異性肽段，其序列覆蓋度中位數(shù)達(dá)到80%，大大提高了某法蛋白質(zhì)組學(xué)對(duì)單個(gè)蛋白的序列覆蓋率，為全面繪制蛋白質(zhì)多樣性圖譜奠定了基礎(chǔ)。

◆實(shí)驗(yàn)結(jié)果

高蛋白質(zhì)組序列覆蓋度有助于更全面地檢測(cè)

不同可變檢測(cè)事件產(chǎn)生的蛋白isoform。依據(jù)RNA-Seq的數(shù)據(jù)，人體各器官和細(xì)胞系提供了超過(guò)95%的外顯子可變剪接的基因產(chǎn)物。但由于質(zhì)譜數(shù)據(jù)的覆蓋度不足，導(dǎo)致編碼出來(lái)的蛋白質(zhì)與可變剪接轉(zhuǎn)錄本的數(shù)量不成正比。

從下圖可以看到每種酶單獨(dú)使用時(shí)，都會(huì)產(chǎn)生明顯較低的檢測(cè)水平（圖1）。但是非某氨酸和非賴(lài)氨酸特異性的蛋白酶（GluC和AspN）與某蛋白酶聯(lián)合使用的時(shí)候，可以提高剪接位點(diǎn)的覆蓋度（圖2）。